紫色飞

FASTA文件拆分&合并

生信小白__君君:

FASTA文件拆分: 
1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中


 awk -v RS=’>‘‘NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print “>”$0}’ a.fasta|sed ‘/^$/d’>b.fasta 


2.将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中


 awk ‘/^>/{f=++d”.fasta”} {print > f}’ input.fasta


FASTA文件合并


cat *.fasta > output.fasta


awk是Unix/Linux下的一种用于文本处理的编程语言,Sed是Unix/Linux下的一种流编辑器。功能都非常强大。这些操作用Python或Perl编程也很容易实现,但不如命令行这么直截了当。 在Windows下如果安装了Cygwin(windows linux 模拟器)这个软件,也可以使用这些命令。



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